poste de MdC, à l’ISEM (peut être)!

Un poste de MdC va prochainement être ouvert au concours par l’Université de Montpellier II.

Identification du poste : Développement de méthodes, modèles, algorithmes et logiciels pour l’analyse de données en biologie évolutive ou écologie. MC 67/27

Section CNU : 67/27

Mots clefs : Bioinformatique, Modélisation, Biostatistiques, Bases de données

Profil Enseignement

Systèmes d’information environnementaux et gestion de base de données Il comportera une partie d’enseignements généralistes dans le cadre de la licence Informatique, et a également pour vocation de combler les besoins en enseignements dans des formations inter-disciplinaires pérennes et émergentes, telles que la spécialité Géomatique du master Informatique, la spécialité Bioinformatique, Connaissance, Données du master STIC pour la Santé, et la spécialité Spatialisation et Technologies en Ecologie du master STIC pour l’écologie et l’environnement. Les enseignements concernés tournent autour des concepts et approches ingénierie relatives aux systèmes d’information environnementaux (pris au sens large : écologie, biologie, santé, information géographique, etc..), ce qui inclut les aspects gestion de base de données spatiales, bases de données semi-structurées et nosql , les aspects temporels, ainsi que le champ base de connaissances (ontologies et génie ontologique). Toute autre compétence en enseignement pouvant s’intégrer dan s les formations pré-citées sera également appréciée.

Département d’enseignement ou équipe pédagogique : Département d’Informatique de la Faculté des Sciences

Nom du Directeur département : Michelle Joab et Bruno Durand

Email directeur département : dirinfofds@univ-montp2.fr

Profil Recherche

Développement de méthodes, modèles, algorithmes et logiciels pour l’analyse de données en biologie évolutive ou écologie.

Laboratoires d’accueil potentiels : AMAP, CBAE, CEFE, EME, ISEM, MIVEGEC

Les laboratoires d’accueil potentiels couvrent un vaste champ de recherche en écologie et évolution. Les recherches dans ce domaine font appel à des compétences en bioinformatique, qu’il s’agisse de l’analyse des données de génomique haut débit ou de l’intégration de données spatiales et temporelles (écologiques, démographiques, biogéographiques, génétiques, climatiques). L’évolution simultanée des thématiques de recherches, des systèmes d’acquisition et d’agrégation de données (réseaux collaboratifs), ainsi que des demandes sociétales vont conférer à ces aspects une importance croissante dans les programmes de recherche. Les recherches de la personne recrutée pourront ainsi porter sur des thématiques de bases de données, de modélisation, d’inférence statistique et d’aide à la décision, dans les domaines suivants : • l’acquisition de données spatialisées pour l’observation des changements environnementaux, intégrant possiblement le temps long, la définition et l’application de traitements sur ces observations, et l’intégration des produits dérivés dans des systèmes d’information et d’interprétation ; • l’algorithmique pour l’analyse de données biologiques haut-débit : assemblage, identification de variants, phylogénie, datation moléculaire ; • l’algorithmique pour les statistiques inférentielles (par exemple, méthodes de simulation, parallélisation) portant sur les processus écologiques et évolutifs ; • l’intégration des processus démographiques et génétiques dans les modèles biogéographiques ou écosystémiques. Les recherches seront conduites sur ces thématiques et devront renforcer les compétences en bioinformatique du laboratoire d’accueil et les collaborations avec les laboratoires d’informatique et de modélisation de Montpellier.

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